| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 625,174 | G→T | intergenic (+5/‑176) | entH → / → cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 625,174 | 0 | G | T | 99.5% | 648.5 / NA | 201 | intergenic (+5/‑176) | entH/cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization; APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (83/117); total (83/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCGACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACA > CP009273/625027‑625319 | gCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTAc > 2:1737782/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAg > 1:3498085/1‑150 (MQ=255) ggTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCTACAGaa > 1:2721152/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |