BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP009273	647,509	T→C	intergenic (‑197/‑182)	citC ← / → citA	[citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB

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*	CP009273	647,509	0	T	C	100.0%	784.0 / NA	200	intergenic (‑197/‑182)	citC/citA	[citrate [pro‑3S]‑lyase] ligase/sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with CitB
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 tgttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTtctat                                                                                                                                                 <  1:3072793/150‑1 (MQ=255)

   ttCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTAATTTATTTCACATAAATTTAGTGGTTTtctattt                                                                                                                                               >  1:3059472/1‑150 (MQ=255)

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          ttGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAAt                                                                                                                                        <  1:425412/150‑1 (MQ=255)

             cAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAt                                                                                                                                     >  1:1397560/1‑150 (MQ=255)

               aaCTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGAttt                                                                                                                                   <  2:1395476/150‑1 (MQ=255)

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                  tGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTaa                                                                                                                                >  2:2757882/1‑150 (MQ=255)

                  tGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTaa                                                                                                                                >  2:1401584/1‑150 (MQ=255)

                   gATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAg                                                                                                                               <  2:2426271/150‑1 (MQ=255)

                     tAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtt                                                                                                                             >  1:3220272/1‑150 (MQ=255)

                       aCCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGtttt                                                                                                                           >  1:1604897/1‑150 (MQ=255)

                        ccTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGttttt                                                                                                                          <  1:2825209/150‑1 (MQ=255)

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                                              aaGGGGGTGATCGATGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATg                                                                                                    >  2:2945356/1‑150 (MQ=255)

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                                                                 atCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgat                                                                                 <  1:1194820/150‑1 (MQ=255)

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                                                                   cTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgattt                                                                               <  1:2657180/150‑1 (MQ=255)

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                                                                         ctcCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattga                                                                         >  2:2917469/1‑150 (MQ=255)

                                                                          tcCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgat                                                                        >  1:1022805/1‑150 (MQ=255)

                                                                          tcCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgat                                                                        <  2:1296781/150‑1 (MQ=255)

                                                                           ccTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgatt                                                                       <  2:1720146/150‑1 (MQ=255)

                                                                            cTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGtgatttaattgattt                                                                      <  1:1420875/150‑1 (MQ=255)

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                                                                                  cTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGaa                                                                <  1:2508956/150‑1 (MQ=255)

                                                                                   tataCATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAAt                                                               <  2:3517988/150‑1 (MQ=255)

                                                                                       cATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATaaaa                                                           >  1:2596140/1‑150 (MQ=255)

                                                                                       cATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATaaaa                                                           <  1:1560512/150‑1 (MQ=255)

                                                                                             aaGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGcc                                                     >  1:3076746/1‑150 (MQ=255)

                                                                                              aGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCa                                                    <  2:3697447/150‑1 (MQ=255)

                                                                                              aGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCa                                                    <  2:3589982/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                 aGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGa                                                 <  1:896946/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                  gTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGAt                                                <  2:2640373/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                   tATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTTATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATc                                               <  2:3436784/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                   tATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATc                                               <  2:2496220/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                   tATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATc                                               <  2:1539717/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                   tATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATc                                               >  1:392964/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                    ttttCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCa                                              <  1:3729866/149‑1 (MQ=255)

                                                                                                    aTTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCa                                              >  2:2670960/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                    aTTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCa                                              <  1:3671570/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                       tCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaa                                           <  1:534897/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                        cGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaat                                          <  1:2023277/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                        cGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCAtaat                                          >  1:2354629/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                aaTTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCt                                  <  1:2757882/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                aaTTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCt                                  <  1:1401501/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 aTTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTa                                 <  2:1398738/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  ttttGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTAt                                <  2:3644447/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  ttttGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTAt                                <  2:1750342/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        tttatttCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTAttt                          <  1:1804716/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         ttatttCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTAtttt                         <  2:2535144/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         ttatttCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTAtttt                         >  2:3449977/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                         ttatttCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTAtttt                         <  2:472688/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                              tCACATAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTc                    >  2:3735185/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                               cacaTAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCa                   >  2:325479/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                               cacaTAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCa                   >  2:325958/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                               cacaTAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCa                   >  2:2233082/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                                 caTAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAAc                 >  2:2115737/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                                  aTAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACa                <  1:3784823/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                  aTAGAGTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACa                >  1:3593948/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                                    agagTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACAtt              >  2:542714/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                                      agTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACAtttt            <  1:3368786/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                       gTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTa           >  2:2783780/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                                       gTTAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTa           <  1:2945356/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                        ttAGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTaa          <  2:189516/150‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                          aGTGGTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAAtt        >  1:684269/1‑150 (MQ=255)

                                                                                                                                             ggTTTTCTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACa     <  1:3006834/150‑1 (MQ=255)

TTGTTCAATGTTGCAAACTGATAACCTTTTATTTTCACTTGGGAGAAAGGGGGTGATCGAGGTATATCTTTTTCTCCTTTCGCTATACATCCTAAGGAGTATTTCGGCGTGAAATTTTGATTTATTTCACATAGAGTTAGTGGTTTTTTATTTATTTAATGATTTTAAGTTTTTTAATTAATGTAATTACGAAATGACTCGCAGGTTTAAGTGATTTAATTGATTTAATGAATAAAATTTGCCACGATCATAATTAATATCTATGTATTTTGATTCAACATTTTAATTACATCC  >  CP009273/647362‑647655

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 25 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`