Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009273 | 767,399 | A→T | E162D (GAA→GAT) | cydA → | cytochrome d terminal oxidase, subunit I |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 767,399 | 0 | A | T | 99.6% | 732.7 / NA | 220 | E162D (GAA→GAT) | cydA | cytochrome d terminal oxidase, subunit I |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCG > CP009273/767253‑767545 | ttcttcttcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACt > 1:3134858/1‑150 (MQ=255) ttcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGt > 2:1549554/1‑150 (MQ=255) tcGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGCGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGATACTATGCGTa > 2:1341577/1‑150 (MQ=255) 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tGATACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCg < 1:1549554/150‑1 (MQ=255) tGATACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCg > 2:3313516/1‑150 (MQ=255) | TTCTTCTTCGGTTGGGATCGTCTGGGTAAAGTTCAGCATATGTGTGTCACCTGGCTGGTGGCGCTCGGTTCAAACCTGTCCGCACTGTGGATTCTGGTTGCGAACGGCTGGATGCAAAACCCAATCGCGTCCGATTTCAACTTTGAAACTATGCGTATGGAGATGGTGAGCTTCTCCGAGCTGGTGCTTAACCCGGTTGCTCAGGTGAAATTCGTTCACACTGTAGCGTCTGGTTATGTGACTGGCGCGATGTTCATCCTCGGTATCAGCGCATGGTATATGCTGAAAGGTCG > CP009273/767253‑767545 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |