| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 769,423 | C→T | A309V (GCA→GTA) | cydB → | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 769,423 | 0 | C | T | 99.2% | 809.2 / NA | 242 | A309V (GCA→GTA) | cydB | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (121/119); minor base A (2/0); total (123/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
ACAACACGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCGCCTGGT > CP009273/769276‑769569 | acaacaCGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTaa < 2:3331869/150‑1 (MQ=255) acGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTc < 1:1705335/150‑1 (MQ=255) gCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTTCATCATCCTTACAGCCGGTATCGTAATGTTccc > 2:2042085/1‑150 (MQ=255) aaTTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGtt < 1:393087/150‑1 (MQ=255) aaTTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGtt > 2:3334875/1‑150 (MQ=255) aTTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGttt < 1:1823510/150‑1 (MQ=255) gggCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAACCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGc > 1:514903/1‑150 (MQ=255) cTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGt > 2:1293937/1‑150 (MQ=255) tATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTc > 1:2545861/1‑150 (MQ=255) aTTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTcc < 1:3748899/150‑1 (MQ=255) cGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCa > 1:1606375/1‑150 (MQ=255) cGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCa > 1:534588/1‑150 (MQ=255) cGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCa > 1:2667152/1‑150 (MQ=255) cGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCa > 2:3641892/1‑150 (MQ=255) ggCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCAc > 2:733804/1‑150 (MQ=255) tGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGt < 2:2281140/120‑1 (MQ=255) tGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGt > 1:2281140/1‑120 (MQ=255) tGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGt > 1:2281524/1‑120 (MQ=255) gtgtGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCAtgatga > 2:354021/1‑150 (MQ=255) gtgtGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGATCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCAtgatga > 1:2739287/1‑150 (MQ=255) tgtgGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGaa < 1:1354127/150‑1 (MQ=255) gtgGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAAc < 2:3271541/150‑1 (MQ=255) tgGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACg < 2:1779185/150‑1 (MQ=255) ggTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGc > 1:3804621/1‑150 (MQ=255) 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tCGTAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCGCCTGgt > 1:1540194/1‑150 (MQ=255) | ACAACACGCCAATTCTGTGGGCTATTCCGGCACTGGGTGTGGTTCTGCCGCTGCTGACCATCCTGACTGCACGTATGGATAAAGCCGCGTGGGCGTTTGTGTTCTCCTCCCTGACGCTGGCCTGCATCATCCTGACAGCCGGTATCGCAATGTTCCCGTTTGTGATGCCGTCCAGCACCATGATGAACGCAAGTCTGACAATGTGGGATGCAACTTCCAGCCAGCTGACGCTTAACGTCATGACCTGGGTTGCGGTGGTTCTGGTACCGATCATTCTGCTCTACACCGCCTGGT > CP009273/769276‑769569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |