Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009273 | 103,467 | G→T | D142Y (GAT→TAT) | lpxC → | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 103,467 | 0 | G | T | 99.4% | 578.0 / ‑4.5 | 176 | D142Y (GAT→TAT) | lpxC | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (90/85); minor base C (0/1); total (90/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
GTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCGATAAGTGGGCTGAATTTAAGCCGTACAATGGTTTTTCGCTGGATTTCACCATCGATTTTAACCATCCGGCTATTGATTCCAGCAACCAGCGCTATGCGATGAACTTCTCCGCTGATGCGTTTATGCGCCAGATCAGCCGTGCGCGT > CP009273/103320‑103613 | gTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTAt < 1:2303091/150‑1 (MQ=255) tATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATaa < 2:2059037/150‑1 (MQ=255) tATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCTATaa < 1:3633596/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |