Predicted mutation | ||||||
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RA | CP009273 | 1,572,026 | A→T | L525* (TTA→TAA) | yddA ← | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,572,026 | 0 | A | T | 99.6% | 759.3 / NA | 235 | L525* (TTA→TAA) | yddA | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, membrane component/ATP‑binding component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (116/118); minor base G (0/1); total (116/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
ATTTATATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTAAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGTTTCGTCAAGAAATATCCATTTCGGACGTCGTAAAATTAATCGTGCCAGGGCGATACGTTGTTTTTCGCCGCTGGAAAGAATATCTCCCCAGCGATCGTGGTCATGAATA > CP009273/1571879‑1572172 | tttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGc < 2:1652518/150‑1 (MQ=255) tttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGc < 2:2817915/150‑1 (MQ=255) tttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGATTTTATAAAACCGCGTTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGTTGTGTAAACATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGc < 1:682582/150‑1 (MQ=255) ttatATCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCg < 1:1262766/150‑1 (MQ=255) atCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATCATGACGCCGCTGGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGGTAGCGGATa > 2:3653838/1‑150 (MQ=255) atCTCCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATa < 2:1881815/150‑1 (MQ=255) tcCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGcc < 1:483117/150‑1 (MQ=255) tcCGTACAGCAGGGCTTTTATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGcc > 2:2990655/1‑150 (MQ=255) 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tttATTGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGAt > 1:3762050/1‑150 (MQ=255) ttGTTTTTATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATgaga > 1:3694241/1‑150 (MQ=255) tttttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGt < 1:868911/150‑1 (MQ=255) ttttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTGTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTa > 1:3219621/1‑150 (MQ=255) ttATAAAACCGCGCTAATGTCACAAATATCATCGGCCAGGTTCCAGACACCGGGTTGATGTTTAACCATAATGACGCCGCTTGTGGGTAGTTTTTCACGCACTAAACGCAGTTAGCGGATAGCCTCTTGTTCCTCAAGATGAGAGGTAGt < 1:1325620/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |