| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 238,303 | A→T | V496V (GTT→GTA) | fadE ← | acyl coenzyme A dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 238,303 | 0 | A | T | 99.5% | 715.4 / NA | 214 | V496V (GTT→GTA) | fadE | acyl coenzyme A dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (113/100); total (114/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTACAGTGATACTTAACGATAGCCGA > CP009273/238157‑238449 | tGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACg > 1:335391/1‑150 (MQ=255)tGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACg > 1:3720593/1‑150 (MQ=255) aCCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGt > 1:2681593/1‑150 (MQ=255) gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt < 1:1112297/150‑1 (MQ=255) gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt > 2:2720903/1‑150 (MQ=255) gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt < 1:1687496/150‑1 (MQ=255) gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt < 2:1892412/150‑1 (MQ=255) gATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGAt < 2:873598/150‑1 (MQ=255) 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atcatcATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCcg > 2:2987517/1‑150 (MQ=255) catcatGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaataa > 2:2334334/1‑134 (MQ=255) catcatGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCaataa < 1:2334842/134‑1 (MQ=255) atGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTgg < 1:306345/150‑1 (MQ=255) ctgcGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCTACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAGGAAGTTGCTTTGCCCGAGCATAATGCCTTTACCGCCGGTAATATCCATCGCATCAATAATCGACTGCTGCCCGCGGTGGGTa < 1:1369952/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |