| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,691,787 | C→T | L72L (CTG→TTG) | bcsG → | DUF3260 family inner membrane protein associated with cellulose production |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,691,787 | 0 | C | T | 99.6% | 716.6 / NA | 225 | L72L (CTG→TTG) | bcsG | DUF3260 family inner membrane protein associated with cellulose production |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (114/110); minor base G (0/1); total (114/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GCTGGAACTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCCTGCCGATCGGCTTTGCTTTGTTCTGGCATGACACCTGGTTGCCTGGCCCGGAAAGCATAATGAGCCAGGGTTCGCAGGTGGCGGGGTTCAGTACCGATTATTTAATCGACCTTGTCACACGCTTTATTAACTGGCAGATGATTGGG > CP009273/3691641‑3691933 | gCTGGAACTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGc > 2:211726/1‑150 (MQ=255) cTGGAACTTCTATTTTCTGGTTAGGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGAttgccttgcc > 2:853878/1‑150 (MQ=255) tGGAACTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCg > 1:566145/1‑150 (MQ=255) tGGAACTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCg > 2:1303038/1‑150 (MQ=255) tGGAACTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCg < 2:409811/150‑1 (MQ=255) ggAACTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCGa > 1:1013355/1‑150 (MQ=255) ggAACTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCGa > 1:2135408/1‑150 (MQ=255) gAACTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCGAt > 1:1421980/1‑150 (MQ=255) aaCTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCGATc > 2:1495586/1‑150 (MQ=255) aCTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCGATCg > 2:1682298/1‑150 (MQ=255) cTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCGATCgg > 2:2387823/1‑150 (MQ=255) tCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCGATCGgct > 2:159869/1‑150 (MQ=255) cTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGATCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCTTGCCGATCGgctt > 2:3725300/1‑150 (MQ=255) 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ttgccttgccGATCGGCTTTGCTTTGTTCTGGCATGACACCTGGTTGCCTGGCCCGGAAAGCATAATGAGCCAGGGTTCGCAGGTGGCGGGGTTCAGTACCGATTATTTAATCGACCTTGTCACACGCTTTATTAACTGGCAGATGATTg > 1:410638/1‑150 (MQ=255) ttgccttgccGATCGGCTTTGCTTTGTTCTGGCATGACACCTGGTTGCCTGGCCCGGAAAGCATAATGAGCCAGGGTTCGCAGGTGGCGGGGTTCAGTACCGATAATTTAATCGACCTTGTCACACGCTTTATTAACTGGCAGATGATTg > 1:410269/1‑150 (MQ=255) | GCTGGAACTTCTATTTTCTGGTTAAGTTCGGCCTGTTGTGGGCGGGATATCTTAACTTCCATCCGCTCCTCAATTTGGTGTTTGCCGCGTTTCTGCTGATGCCCCTTCCGCGCTACAGCCTGCATCGCTTGCGCCACTGGATTGCCCTGCCGATCGGCTTTGCTTTGTTCTGGCATGACACCTGGTTGCCTGGCCCGGAAAGCATAATGAGCCAGGGTTCGCAGGTGGCGGGGTTCAGTACCGATTATTTAATCGACCTTGTCACACGCTTTATTAACTGGCAGATGATTGGG > CP009273/3691641‑3691933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |