| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 34,496 | T→A | 7.5% | L66Q (CTG→CAG) | caiF → | cai operon transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 34,496 | 0 | T | A | 7.5% | 1190.5 / 59.0 | 345 | L66Q (CTG→CAG) | caiF | cai operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (183/135); new base A (17/9); total (200/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
ATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAGCAAATTTACGCGCGCCTGCGCAATAACAGTCGGGAAAAATTAGTCGGTGTAAGAAAGACGCCGCGTATTCCTGCCGTTCCGCTCACGGAACTTA > CP009273/34347‑34645 | aTGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGAGAGCAAGAGAGATCTCTAGTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCt < 2:3982348/150‑1 (MQ=255) ggATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTgg > 1:1438950/1‑150 (MQ=255) gatgatGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGa > 2:5151179/1‑150 (MQ=255) 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aaaaTCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGAt < 1:638152/150‑1 (MQ=255) aaaTCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATg < 2:299835/150‑1 (MQ=255) aTCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGcc < 1:385149/150‑1 (MQ=255) ggtgATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCa > 1:2691771/1‑150 (MQ=255) ggtgATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCa < 2:2119066/150‑1 (MQ=255) 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ttCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGata < 2:1860087/150‑1 (MQ=255) cATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATc < 2:1649459/150‑1 (MQ=255) ttCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGAt > 2:1177743/1‑150 (MQ=255) cGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGa < 1:2044342/150‑1 (MQ=255) gATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCAGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGACTGGTTAAAGTGGTCGATATCGATGAg > 1:5146826/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |