Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 565,317 | G→A | 6.6% | A320A (GCG→GCA) | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 565,317 | 0 | G | A | 6.6% | 1216.3 / 49.3 | 348 | A320A (GCG→GCA) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (159/166); new base A (8/15); total (167/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 |
Only 100 of 353 total aligned reads displayed.
TCATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACAA > CP009273/565169‑565466 | tCATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCgg < 1:2962078/150‑1 (MQ=255) tatCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTAt > 2:2384850/1‑150 (MQ=255) atCAGAAGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATc < 1:373617/150‑1 (MQ=255) tCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCt < 1:1590675/150‑1 (MQ=255) cAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTg < 1:2424835/150‑1 (MQ=255) cAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTg < 1:4474921/150‑1 (MQ=255) aGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCAGTATCTgg > 1:1326561/1‑150 (MQ=255) gatTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGt < 2:1219321/150‑1 (MQ=255) 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gCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGagaaga < 1:3275203/150‑1 (MQ=255) cACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGAt > 1:2775465/1‑150 (MQ=255) cACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGAt < 1:4586283/150‑1 (MQ=255) aCCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGAtt > 2:4442555/1‑150 (MQ=255) ttttGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACa < 2:4059528/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |