Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 569,705 | G→A | 5.9% | R98R (AGG→AGA) | quuD → | DLP12 prophage; putative antitermination protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 569,705 | 0 | G | A | 5.9% | 1319.7 / 44.6 | 371 | R98R (AGG→AGA) | quuD | DLP12 prophage; putative antitermination protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (168/179); new base A (10/12); total (178/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 378 total aligned reads displayed.
GACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATA > CP009273/569556‑569854 | gACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAgg < 1:2942751/150‑1 (MQ=255) gcgATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGATTa < 1:2311086/150‑1 (MQ=255) atgatCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAg > 2:4810863/1‑150 (MQ=255) atgatCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAg > 1:1458717/1‑150 (MQ=255) gatCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGaa > 1:4764867/1‑150 (MQ=255) atCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGACGGTATGACATTCATGTCAATGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGaat > 1:2539152/1‑149 (MQ=255) atCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGAATTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAg > 2:3250117/1‑150 (MQ=255) tCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAgg < 2:2569781/150‑1 (MQ=255) 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aaaaGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCaa > 2:3908707/1‑150 (MQ=255) aaaGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCaaa > 1:1382220/1‑150 (MQ=255) | GACGCGATGATCATTTGCGGGTGCATGGCCCGTCTGAAAAAGAACAACAGCGATTTGCACGATTTATTAGTAGATTATTATGTAGTCGGTATGACATTCATGTCACTGGCAGGTAAGCATTGCTGCTCTGATGGTTATATCGGGAAAAGGTTACAGAAGGCTGAGGGCATAATTGAAGGGATGTTAATGGCATTAGATATCCGGTTAGAGATGGATATCGTTGTTAATAACTCTAATTAATATGCCAATTGTTTACTAAAAATTATTAAAAATGGGGCGTTGAGACGCCCCCAAAAATA > CP009273/569556‑569854 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |