Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 596,756 | G→T | 10.0% | E863* (GAG→TAG) | cusA → | copper/silver efflux system, membrane component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 596,756 | 0 | G | T | 10.0% | 1041.7 / 67.9 | 302 | E863* (GAG→TAG) | cusA | copper/silver efflux system, membrane component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (148/123); new base T (16/15); total (164/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
AAAACCGAGAATGCGCGCCCGACGAGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGTGCTGTTGTATCTGGCGTTCCGTCGGGTGGGCGAAGCGTTGCTGATTATCAGCAGCGTACCGTTTGCGCTGGTGGGCGGCATC > CP009273/596609‑596905 | aCCGAGAATGCGCGCCCGACGAGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTa > 1:2839647/1‑150 (MQ=255) cGAGAATGCGCGCCCGACGAGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACt < 1:238315/150‑1 (MQ=255) cGAGAATGCGCGCCCGACGAGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCAAGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACt < 1:2616456/150‑1 (MQ=255) gagaATGCGCGCCCGACGAGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTg > 1:3510310/1‑150 (MQ=255) cgacgaGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAAcc > 2:1277266/1‑150 (MQ=255) cgacgaGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAAcc > 1:1070450/1‑150 (MQ=255) gacgaGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGGTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCa > 2:5228506/1‑150 (MQ=255) acgaGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCAt < 1:3600782/150‑1 (MQ=255) gaGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATaa < 1:3690084/150‑1 (MQ=255) aGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAGGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAg > 1:3094894/1‑150 (MQ=255) aGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAg < 2:3984369/150‑1 (MQ=255) aGCTGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAg > 1:796104/1‑150 (MQ=255) tGGATTTATCTCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCtt < 2:1202511/150‑1 (MQ=255) tGGATTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCTAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCtt < 1:887860/150‑1 (MQ=255) aTTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTaaa > 1:3338033/1‑150 (MQ=255) aTTTATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTaaa > 1:844186/1‑150 (MQ=255) tttATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAAc < 1:2777386/150‑1 (MQ=255) ctaacatCGCTGCCCGCGATCGTGACATGTTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCTAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAAc < 2:4083849/145‑1 (MQ=255) ttATATCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACt > 1:5130997/1‑150 (MQ=255) tataTCGATGCCCGCGATCGTGTCATGGTGTCGGTGTTTCACGATTTGCATAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTc < 2:65161/150‑1 (MQ=255) tataTCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTc > 1:2031758/1‑150 (MQ=255) tatCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCAt > 1:1845729/1‑150 (MQ=255) ctCGATGCCCGGGTTCGTGTTATTGTGTCGGTTGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGTGCACCAGCGTTGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAATCTTAAACTCATg < 2:4121433/149‑1 (MQ=255) atCGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATg < 1:2874593/150‑1 (MQ=255) cGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATACGCTTAAACTCATGGt < 1:221160/150‑1 (MQ=255) cGATGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGt < 1:325103/150‑1 (MQ=255) aTGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGc > 1:906572/1‑150 (MQ=255) aTGCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGc < 2:3973147/150‑1 (MQ=255) gCCCGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCTAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCg < 1:2695552/150‑1 (MQ=255) cccGCGATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGa > 1:4941700/1‑150 (MQ=255) gcgATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGa < 1:3806195/150‑1 (MQ=255) gATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACg > 2:1438939/1‑150 (MQ=255) gATCGTGACATGGTGTCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACg < 1:5165220/150‑1 (MQ=255) 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attgtgtCGGTGGTTCACGTTTAGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCTAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGAtt < 2:2825472/147‑1 (MQ=255) gtgtCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATc < 2:5131238/150‑1 (MQ=255) tgtCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCTAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCt > 1:4085017/1‑150 (MQ=255) tgtCGGTGGTTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCt < 2:1944079/150‑1 (MQ=255) ggtggtTCACGATTTGCAAAAAGCGATAGCTGAAAAAGTGCAGTTAAAACCGGGCACCAGCGTGGCATTCTCCGGGCAGTTCGAGCTACTGGAGCGCGCCAACCATAAGCTTAAACTCATGGTGCCGATGACGTTGATGATTATCTTCGt > 2:3010759/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |