| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 657,177 | C→T | 6.6% | A186A (GCG→GCA) | lipB ← | octanoyltransferase; octanoyl‑[ACP]:protein N‑octanoyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 657,177 | 0 | C | T | 6.6% | 1114.0 / 44.1 | 319 | A186A (GCG→GCA) | lipB | octanoyltransferase; octanoyl‑[ACP]:protein N‑octanoyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (129/167); new base T (6/15); total (136/183) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
TGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGTGATATTTTAGCCATTTCCATTCCGGCATACCCACAAGGATTAATACGTAAAAATGGTGAAAGATCCATATTGACGTTTAATGCCAGACCGTGGAATGAACAACCGCGTCGAATACGTAAACCCAGTGAGCA > CP009273/657029‑657326 | tAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCt < 1:930727/150‑1 (MQ=255) aaaGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCtt > 2:441108/1‑150 (MQ=255) gCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCgg < 1:3181003/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |