| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 43,550 | G→A | 5.9% | A121A (GCG→GCA) | fixB → | putative electron transfer flavoprotein, NAD/FAD‑binding domain and ETFP adenine nucleotide‑binding domain‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 43,550 | 0 | G | A | 5.9% | 1213.2 / 41.5 | 338 | A121A (GCG→GCA) | fixB | putative electron transfer flavoprotein, NAD/FAD‑binding domain and ETFP adenine nucleotide‑binding domain‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (165/153); new base A (9/11); total (174/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
GCTGACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCACACCGTGGAGTGGCA > CP009273/43401‑43699 | tGACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCGAc > 1:4655048/1‑150 (MQ=255) tGACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCGAc > 1:2050869/1‑150 (MQ=255) gACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCGACa > 1:1072896/1‑150 (MQ=255) 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gTACAGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACg > 2:2196225/1‑150 (MQ=255) cAGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGcac > 1:1132705/1‑150 (MQ=255) aGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGcaca < 1:567695/150‑1 (MQ=255) gACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCACAcc < 2:4338711/150‑1 (MQ=255) gACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCACAcc > 1:1895538/1‑150 (MQ=255) 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gCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCACACCGTGGAGTgg > 1:3537251/1‑150 (MQ=255) gACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCACACCGTGGAGTGGCa < 1:4735938/150‑1 (MQ=255) | GCTGACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCACACCGTGGAGTGGCA > CP009273/43401‑43699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |