Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 871,072 | C→A | 7.6% | V94V (GTC→GTA) | yliF → | putative membrane‑anchored diguanylate cyclase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 871,072 | 0 | C | A | 7.6% | 1134.0 / 50.9 | 315 | V94V (GTC→GTA) | yliF | putative membrane‑anchored diguanylate cyclase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (121/170); new base A (6/18); total (127/188) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
ACTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCT > CP009273/870923‑871221 | aCTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTc < 1:3297095/150‑1 (MQ=255) cTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCg < 2:691411/150‑1 (MQ=255) tGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGAGGTCgg > 1:117137/1‑150 (MQ=255) 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aaaTATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTc > 1:2938243/1‑150 (MQ=255) aaaTATTGCAGAATATCGGCGAAGCGATGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGATGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTAATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTc > 2:1402663/1‑150 (MQ=255) aaaTATTGCAGAAGATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTc < 2:3947359/150‑1 (MQ=255) aaTATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTcc < 1:4002623/150‑1 (MQ=255) atTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGt < 2:5088451/150‑1 (MQ=255) atTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGt < 1:4866597/150‑1 (MQ=255) tgatGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGa > 1:636686/4‑150 (MQ=255) tGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGa > 1:3180329/1‑150 (MQ=255) gAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGac > 1:4409929/1‑149 (MQ=255) gAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGaa > 1:956127/1‑150 (MQ=255) 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cacGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTAGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATtg > 2:1311488/1‑150 (MQ=255) acGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATtgt < 1:4661560/150‑1 (MQ=255) naaaTCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGTTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCCTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGctg > 2:2399512/2‑148 (MQ=255) aaaTCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGa > 2:2524555/1‑150 (MQ=255) aaaTCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGa > 2:2041676/1‑150 (MQ=255) 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gTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTAc > 1:4045148/1‑150 (MQ=255) cGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACct < 1:346075/150‑1 (MQ=255) | ACTGCTTTTGCGGTGGCAAATATTGCTGAATATCGGCGTAGCGTGGCAATTGATCTTATCAACACGCTAAATCCCACGGAGGAACAGCTGTTGGTTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCT > CP009273/870923‑871221 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |