| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 983,370 | T→A | 6.3% | N358Y (AAC→TAC) | asnS ← | asparaginyl tRNA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 983,370 | 0 | T | A | 6.3% | 1037.4 / 48.5 | 303 | N358Y (AAC→TAC) | asnS | asparaginyl tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (146/138); new base A (2/17); total (148/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.34e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
CATACGCTCGTCCAGCACGTCCAGACGTTCTTCACGCTGGGAGCCACCAATGATCTCACCGATGCCCGGAGCCAGAACGTCCATAGCCGCAACGGTTTTACCGTCTTCGTTAAGGCGCATATAGAACGCTTTAATATCTTTCGGATAGTTTTTAACCACTACCGGTGCTTTAAAGTGTTCTTCCGCCAGATAACGCTCATGCTCAGAAGAGAGATCGACTCCCCAGTAAACCGGGTTTTCAAACTTCCTGCCGCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGTATAATCCACCTGCGCAA > CP009273/983221‑983519 | cATACGCTCGTCCAGCACGTCCAGACGTTCTTCACGCTGGGAGCCACCAATGATCTCACCGATGCCCGGAGCCAGAACGTCCATAGCCGCAACGGTTTTACCGTCTTCGTTAAGGCGCATATAGAACGCTTTAATATCTTTCGGATAGtt < 1:1830206/150‑1 (MQ=255)cATACGCTCGTCCAGCACGTCCAGACGTTCTTCACGCTGGGAGCCACCAATGATCTCACCGATGCCCGGAGCCAGAACGTCCATAGCCGCAACGGTTTTACCGTCTTCGTTAAGGCGCATATAGAACGCTTTAATATCTTTCGGATAGtt < 2:196226/150‑1 (MQ=255) aTACGCTCGTCCAGCACGTCCAGACGTTCTTCACGCTGGGAGCCACCAATGATCTCACCGATGCCCGGAGCCAGAACGTCCATAGCCGCAACGGTTTTACCGTCTTCGTTAAGGCGCATATAGAACGCTTTAATATCTTTCGGATAGttt < 2:900144/150‑1 (MQ=255) 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atCTTTCGGATAGTTTTTAACCACTACCGGTGCTTTAAAGTGTTCTTCCGCCAGATAACGCTCATGCTCAGAAGAGAGATCGACTCCCCAGTAAACCGGGTTTTCAAACTTCCTGCCGCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGtata < 1:748670/150‑1 (MQ=255) atCTTTCGGATAGTTTTTAACCACTACCGGTGCTTTAAAGTGTTCTTCCGCCAGATAACGCTCATGCTCAGAAGAGAGATCGACTCCCCAGTAAACCGGGTTTTCAAACTTCCTGCCGCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGtata > 1:1346248/1‑150 (MQ=255) cTTTCGGATAGTTTTTAACCACTACCGGTGCTTTAAAGTGTTCTTCCGCCAGATAACGCTCATGCTCAGAAGAGAGATCGACTCCCCAGTAAACCGGGTTTTCAAACTTCCTGCCGCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGTATAAt > 2:2451501/1‑150 (MQ=255) tttCGGATAGTATTTAACCACTACCGGTGCTTTAAAGTGTTCTTCCGCCAGATAACGCTCATGCTCAGAAGAGAGATCGACTCCCCAGTAAACCGGGTTTTCAAACTTCCTGCCGCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGTATAATc < 1:1491268/150‑1 (MQ=255) tttCGGATAGTATTTAACCACTACCGGTGCTTTAAAGTGTTCTTCCGCCAGATAACGCTCATGCTCAGAAGAGAGATCGACTCCCCAGTAAACCGGGTTTTCAAACTTCCTGCCGCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGTATAATc < 1:3657264/150‑1 (MQ=255) 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aTAGTTTTTAACCACTACCGGTGCTTTAAAGTGTTCTTCCGCCAGATAACGCTCATGCTCAGAAGAGAGATCGACTCCCCAGTAAACCGGGTTTTCAAACTTCCTGCCGCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGTATAATCCACCTg > 2:2013986/1‑150 (MQ=255) aGTTTTTAACCACTACCGGTGCTTTAAAGTGTTCTTCCGCCAGATAACGCTCATGCTCAGAAGAGAGATCGACTCCCCAGTAAACCGGGTTTTCAAACTTCCTGCCGCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGTATAATCCACCTgcg < 2:5174904/150‑1 (MQ=255) | CATACGCTCGTCCAGCACGTCCAGACGTTCTTCACGCTGGGAGCCACCAATGATCTCACCGATGCCCGGAGCCAGAACGTCCATAGCCGCAACGGTTTTACCGTCTTCGTTAAGGCGCATATAGAACGCTTTAATATCTTTCGGATAGTTTTTAACCACTACCGGTGCTTTAAAGTGTTCTTCCGCCAGATAACGCTCATGCTCAGAAGAGAGATCGACTCCCCAGTAAACCGGGTTTTCAAACTTCCTGCCGCAGTTTTCGAGAATGGTCACTGCGTCGGTATAATCCACCTGCGCAA > CP009273/983221‑983519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |