Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,010,932 | 0 | A | G | 5.4% | 960.7 / 30.0 | 279 | intergenic (+17/‑239) | pqiC/rmf | DUF330 family putative lipoprotein/ribosome modulation factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (140/124); new base G (2/13); total (142/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
ACTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAACCGTCTCCGGTATGTTGCCTGAGGCGGTTTTTTTGTCTCTAACGTGCGGAAAAATTTGTTCCTCTTCACATTTTTTGTACAACCGACATGCCCGTGTAGCTCACAAATATGACAGTGGCGTGAATTTTGCGCATTGACGGCAGT > CP009273/1010783‑1011081 | aCTGATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTaaa < 2:4045593/150‑1 (MQ=255) gATCAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAatat < 1:877908/150‑1 (MQ=255) cAAACGTCCGTTCCGTCTGGAAGGAGTGCAAACTCAGGATGGTTACGATGAGATGGTTAAAGTGCTGGCCGGTGTCTGGAGTCAGGAAGCCGCTTCTATTGCACAAGAGATAAAGCGTCTACCTTAATTATAAAGATTTGTAAATATAAc > 1:3856383/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |