| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,011,972 | 0 | A | T | 17.4% | 773.2 / 149.3 | 293 | intergenic (‑46/+23) | fabA/ycbZ | beta‑hydroxydecanoyl thioester dehydrase/putative peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (134/108); new base T (23/28); total (157/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
AGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCC > CP009273/1011823‑1012121 | ttCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTa < 1:1358656/150‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACg < 2:2923965/150‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACg > 2:2882489/1‑150 (MQ=255) tGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTg > 1:4088684/1‑150 (MQ=255) tGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAAc > 2:2228154/1‑150 (MQ=255) tGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAAc > 2:2306652/1‑150 (MQ=255) cAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAg < 1:2510338/150‑1 (MQ=255) aaTTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGt > 2:2672375/1‑150 (MQ=255) aaTTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGt < 1:4174485/150‑1 (MQ=255) aTTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTc > 1:1559119/1‑150 (MQ=255) ttGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACTCGTGTACGCTGAACAAGTcc < 2:4698949/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGACTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACTCGTGTACGCTGAACAAGTcc < 2:2098627/150‑1 (MQ=255) tGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCg > 2:2391505/1‑150 (MQ=255) 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attGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATc > 1:1053645/1‑150 (MQ=255) aaGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCAGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCATGTTGCGATGCTTGCGCGATAAGATCCTGGATGGTTTGCATCAGct > 2:3187032/1‑149 (MQ=255) aGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgt > 2:4614420/1‑150 (MQ=255) gCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGcgtc < 2:4034318/150‑1 (MQ=255) gCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGttt < 1:5115010/150‑1 (MQ=255) 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acGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATcc < 1:3120163/150‑1 (MQ=255) acGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATcc > 1:1768943/1‑150 (MQ=255) | AGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCC > CP009273/1011823‑1012121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |