Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,193,313 | C→T | 5.7% | M127I (ATG→ATA) | ymfE ← | e14 prophage; putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,193,313 | 0 | C | T | 5.7% | 1253.9 / 40.9 | 350 | M127I (ATG→ATA) | ymfE | e14 prophage; putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (159/171); new base T (12/8); total (171/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
ATTTGTTTGCAAAAAAAGATTATTAGGAAGGAAATTAATGCAATTATCGAAAATTCAAAAAATATCCAAAAATAGTATACTTTATTCCAGAAGAGTTCAATATAATGTTTGTCTTCAATTTTTCTTACTTCAGGGTAATATAGATTGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAA > CP009273/1193164‑1193462 | tttgCAAAAAAAGAATATTAGGAAGGAAATTAATGCAATTATCGAAAATTCAAAAAATATCCAAAAATAGTATACTTTATTCCAGAAGAGTTCAATATAATGTTTGTCTTCAATTTTTCTTACTTCAGGGTAATATAGATTGCTTATTAc < 2:4188855/150‑1 (MQ=255) aaaaaaGATTATTAGGAAGGAAATTAATGCAATTATCGAAAATTCAAAAAATATCCAAAAATAGTATACTTTATTCCAGAAGAGTTCAATATAATGTTTGTCTTCAATTTTTCTTACTTCAGGGTAATATAGATTGCTCATTACATtgtg < 1:4780174/150‑1 (MQ=255) caaaGATTATGAGGAAGGAAATCAATGCAATTATCGAAAATTCAAAAAATATCCAAAAATAGTATACTTTATTCCAGAAGAGTTCAATATACTGTTTGTCTTCAATTTTTCTTACTTCAGGGTAATATAGATTGCTCATTACATTGTGAg < 2:4260458/149‑1 (MQ=255) 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gTAATATAGATTGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTaa < 1:4424043/150‑1 (MQ=255) tataGATTGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCa < 1:5228312/150‑1 (MQ=255) ataGATTGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCAc < 1:285652/150‑1 (MQ=255) aGATTGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCg > 1:182721/1‑150 (MQ=255) aGATTGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCg < 1:4276168/150‑1 (MQ=255) aGATTGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCg > 1:15470/1‑150 (MQ=255) aGATTGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCg > 2:1834793/1‑150 (MQ=255) ttGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTa < 2:441151/150‑1 (MQ=255) tGCTTATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTaa > 2:4845422/1‑150 (MQ=255) cTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAAtt < 2:3900103/150‑1 (MQ=255) tCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTTTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTa < 2:2992459/150‑1 (MQ=255) cATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTaa < 1:5068091/150‑1 (MQ=255) | ATTTGTTTGCAAAAAAAGATTATTAGGAAGGAAATTAATGCAATTATCGAAAATTCAAAAAATATCCAAAAATAGTATACTTTATTCCAGAAGAGTTCAATATAATGTTTGTCTTCAATTTTTCTTACTTCAGGGTAATATAGATTGCTCATTACATTGTGAGCTTCATCTTTATTTAATTTTCTGTTGACTCCAGCTCTCCGTGATAACGGTTTTATAATTAGATGCTTATCCCAAAGATATCGCACCCGAAGTAGTTTGGCTGCATTGTTATGTAGGTCTAACGCACCGCTAATTAA > CP009273/1193164‑1193462 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |