Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,194,365 | G→T | 22.7% | W72L (TGG→TTG) | lit → | e14 prophage; cell death peptidase, inhibitor of T4 late gene expression |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,194,365 | 0 | G | T | 22.7% | 740.3 / 196.8 | 317 | W72L (TGG→TTG) | lit | e14 prophage; cell death peptidase, inhibitor of T4 late gene expression |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/125); new base T (40/32); total (160/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
GAAGGAGCAAGATCTTAAAACGATAGTTGACGACAAAAAAATTATAATTTCAGTTGTGAGTGAACCTGGTTTTAATATCCGAGTCAGGAAGAATGAGAGTAATAATTCACATGAAATAGTTCTAACAGTAGCTTCACTTGAATATATTTGGGCATTTTCCAATTTCTTTTGGGTTTTTACGCAAGAGTACTCCAAATCTCAGAAAAATAATGATGAGCACTTTGATTTAACAGGAAAAAATAGGCTTAAAAAGTCTGATGAACTTCTTAAATGGGCAAGGAAAAACTTGCAAACAACAG > CP009273/1194216‑1194514 | aGGAGCAAGATCTTAAAACGATAGTTGACGACAAAAAAATTATAATTTCAGTTGTGAGTGAACCTGGTTTTAATATCCGAGTCAGGAAGAATGAGAGTAATAATTCACATGAAATAGTTCTAACAGTAGCTTCACTTGAATATATTTggg > 1:958638/1‑150 (MQ=255) aGGAGCAAGATCTTAAAACGATAGTTGACGACAAAAAAATTATAATGTCAGTTGTGAGTGAACCTGGTTTTAATATCCGAGTCAGGAAGAATGAGAGTAATAATTCACATGAAATAGTTCTAACAGTAGCTTCACTTGAATATATTTggg < 1:697758/150‑1 (MQ=255) ggAGCAAGATCTTAAAACGATAGTTGACGACAAAAAAATTATAATTTCAGTTGTGAGTGAACCTGGTTTTAATATCCGAGTCAGGAAGAATGAGAGTAATAATTCACATGAAATAGTTCTAACAGTAGCTTCACTTGAATATATTTGGGc > 1:2300801/1‑150 (MQ=255) 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tGGGCATTTTCCAATTTCTTTTGGGTTTTTACGCACGAGTACTCCAAATCTCAGAAAAATAATGATGAGCACTTTGATTTAACAGGAAAAAATAGGCTTAAAAAGTCTGATGAACTTCTTAAATGGGCAAGGAAAAACTTGCAAacaaca > 1:1338622/1‑150 (MQ=255) gggCATTTTCCAATTTCTTTTGGGTTTTTACGCAAGAGTACTCCAAATCTCAGAAAAATAATGATGAGCACTTTGATTTAACAGGAAAAAATAGGCTTAAAAAGTCTGATGAACTTCTTAAATGGGCAAGGAAAAACTTGCAAACAACAg > 1:667403/1‑150 (MQ=255) | GAAGGAGCAAGATCTTAAAACGATAGTTGACGACAAAAAAATTATAATTTCAGTTGTGAGTGAACCTGGTTTTAATATCCGAGTCAGGAAGAATGAGAGTAATAATTCACATGAAATAGTTCTAACAGTAGCTTCACTTGAATATATTTGGGCATTTTCCAATTTCTTTTGGGTTTTTACGCAAGAGTACTCCAAATCTCAGAAAAATAATGATGAGCACTTTGATTTAACAGGAAAAAATAGGCTTAAAAAGTCTGATGAACTTCTTAAATGGGCAAGGAAAAACTTGCAAACAACAG > CP009273/1194216‑1194514 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |