Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,215,174 | G→T | 21.8% | pseudogene (118/2648 nt) | ycgH → | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,215,174 | 0 | G | T | 21.8% | 631.5 / 148.3 | 277 | pseudogene (118/2648 nt) | ycgH | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/121); new base T (33/29); total (127/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GTTTGTTAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTAT > CP009273/1215025‑1215323 | ttgttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATgaagaa < 2:4346687/150‑1 (MQ=255) tgaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGaa > 2:3078840/1‑150 (MQ=255) gaatgGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGaaa < 2:754348/150‑1 (MQ=255) 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tAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAATAATCGCCGATTGAAATCAAAGataat > 1:4067835/1‑150 (MQ=255) tATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATcc < 1:4287903/150‑1 (MQ=255) tATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATcc < 1:2189302/150‑1 (MQ=255) aTGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCg < 1:4782051/150‑1 (MQ=255) gAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGAt < 1:3454869/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |