| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,402,363 | G→A | 5.4% | M19I (ATG→ATA) | ydaN → | putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,402,363 | 0 | G | A | 5.4% | 1131.1 / 33.6 | 314 | M19I (ATG→ATA) | ydaN | putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (160/137); new base A (7/10); total (167/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGC > CP009273/1402214‑1402512 | tcttaATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCctggatg > 1:2106231/3‑150 (MQ=255)tattaATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCctggatg < 1:5049566/150‑1 (MQ=255)tattaATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCctggatg < 1:996806/150‑1 (MQ=255)tattaATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCctggatg > 1:2106158/1‑150 (MQ=255) attaATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCctggctgc > 2:1800999/1‑150 (MQ=255) attaATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCctggatgc > 1:3946659/1‑150 (MQ=255) taATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCctggatgctg > 2:2358363/1‑150 (MQ=255) aaTCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCctggatgctgg > 1:367405/1‑150 (MQ=255) 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cAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGAtg < 1:3601127/150‑1 (MQ=255) aGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGAACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGtgattga > 2:4348341/1‑150 (MQ=255) ggCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGaa < 2:390655/150‑1 (MQ=255) gCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAg > 1:2044015/1‑150 (MQ=255) tAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAgcg > 1:2148175/1‑150 (MQ=255) 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atgctggatgGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGAt < 2:2850982/150‑1 (MQ=255) tgctggatgGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATg > 2:3594759/1‑150 (MQ=255) | TATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTACAAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGC > CP009273/1402214‑1402512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |