Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 1,413,956 | G→T | 8.8% | intergenic (‑243/+66) | ydaG ← / ← racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,413,956 | 0 | G | T | 8.8% | 1041.1 / 57.0 | 303 | intergenic (‑243/+66) | ydaG/racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (139/137); new base T (14/13); total (153/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
CTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCGC > CP009273/1413807‑1414105 | tAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGAc < 2:861602/150‑1 (MQ=255) aaCCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGAca < 1:4181746/150‑1 (MQ=255) cccTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCTAcagca > 1:1058426/1‑150 (MQ=255) 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cACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTg < 1:474654/150‑1 (MQ=255) ccTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCTACAGCAGAAAGTGATggg < 1:304000/150‑1 (MQ=255) cTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATgggg > 1:2727715/1‑150 (MQ=255) ggTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATgggggg > 1:3115639/1‑150 (MQ=255) tAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGAGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGt > 2:1825420/1‑150 (MQ=255) tAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATAGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGAAAGCAGAAAGTGATgggggggg > 2:4432574/1‑149 (MQ=255) aaCTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAAAAGGCTATGCCTAATTTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGCAGGTGATGGGGGGGtt > 2:193287/1‑150 (MQ=255) aCTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTa < 1:2091475/150‑1 (MQ=255) aCTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTa < 1:1817770/150‑1 (MQ=255) gAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATa < 1:874284/150‑1 (MQ=255) 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tATGCTGGAACTATAGGTACTGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagttt < 1:4586225/150‑1 (MQ=255) tATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCTACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagttt < 2:1910888/150‑1 (MQ=255) tATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGACAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagttt > 1:845344/1‑150 (MQ=255) tATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagttt < 2:1345899/150‑1 (MQ=255) aTGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATAtaagttta > 1:3507137/1‑150 (MQ=255) 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cGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCg < 2:1132498/150‑1 (MQ=255) gACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATCCTTACCCACTTTCATTTCCATCgc > 2:1265741/1‑150 (MQ=255) | CTTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCATCGC > CP009273/1413807‑1414105 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |