| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,588,055 | C→A | 5.5% | pseudogene (4190/5323 nt) | yneO ← | pseudogene, AidA homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,588,055 | 0 | C | A | 5.5% | 983.2 / 25.4 | 256 | pseudogene (4190/5323 nt) | yneO | pseudogene, AidA homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (137/105); new base A (7/7); total (144/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCCAGCGTGTAGACGTAAGCCCCAGCTTCGACAGTTCCGGTGGTCAGCGCGAAGTTACCTGCAGAATTACCGCCAACCTCAATGAGTTCAATACCGTTGACCGTTTGTGCACCGACGCCGCCAATGTTATCAACCCGAACGCGAGTGTTCCCTTGGGTATCGCCTTTCACGTTCATCT > CP009273/1587906‑1588204 | tGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCCAGCGTGTAGACGTAAGCCCCAGCTTc < 2:82350/150‑1 (MQ=255)tGATGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCCAGCGTGTAGACGTAAGCCCCAGCTTc < 2:556734/150‑1 (MQ=255) aTGGGCCTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCCAGCGTGTAGACGTAAGCCCCAGCTTCGa > 1:4691600/1‑150 (MQ=255) 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cTTCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCCAGCGTGTAGACGTAAGCCCCAGCTTCGACAGTTc < 1:2102738/150‑1 (MQ=255) tCCTGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCCAGCGTGTAGACGTAAGCCCCAGCTTCGACAGTTCCg < 2:3240151/150‑1 (MQ=255) tCCGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCCAGCGTGTAGACGTAAGCCCCAGCTTCGACAGTTCCg > 2:129356/1‑150 (MQ=255) ccGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCAATAACTGGTCAGATACCAGTTTTTCGCGGCATTCCCCTTCCCTTTAGCCAGCGAGTCGACGTAAGCCCCAGCATCGACAGTACCgg > 2:4920998/1‑150 (MQ=255) cGGATCCACAACAGGGGGATTATTGATGGGATCGGGTGTATCCGCTGGCGTTACGCCGTCCCATTTACTGGTCAGATACCAGTTTTTCTCGTCATTCCCCTTCCCTTTAGCCAGCGTGTAGACGTAAGCCCCAGCTTCGACAGTTCCggt < 1:1002712/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |