| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,704,060 | A→T | 9.1% | Q221L (CAA→CTA) | rsxD → | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane protein of electron transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,704,060 | 0 | A | T | 9.1% | 1009.2 / 69.4 | 304 | Q221L (CAA→CTA) | rsxD | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane protein of electron transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (130/143); new base T (11/17); total (144/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
TGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCG > CP009273/1703911‑1704208 | tgATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCa > 1:4122815/1‑150 (MQ=255) gATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCaa > 2:681428/1‑150 (MQ=255) atGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATgg < 1:3932837/150‑1 (MQ=255) aaCACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTa > 1:2197374/1‑150 (MQ=255) cacTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAAtc < 1:4646739/150‑1 (MQ=255) cacTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAAtc < 1:4351734/150‑1 (MQ=255) acTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAAtct > 2:4610190/1‑150 (MQ=255) ttcGCTTAGGTTTTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTATAACCTCTGTCCGTGCAGGTGATTCGGTTGATCTGATTTTGCTTTTTCCGATCTTCTGCGGTTTTCTGGGGGGCGCTGGTTGGCTATGGGTAAATCTCg < 2:4147433/148‑1 (MQ=255) cGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGcc > 2:3613578/1‑150 (MQ=255) cTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctg < 2:3937743/150‑1 (MQ=255) cTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctg > 2:1131022/1‑150 (MQ=255) tAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCTATGGGTAAATCTCGCctggc < 2:2651881/150‑1 (MQ=255) tAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggc > 2:5009244/1‑150 (MQ=255) ggTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctg < 1:4836464/150‑1 (MQ=255) ggTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctg < 1:2236849/150‑1 (MQ=255) ggTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctg > 2:4345130/1‑150 (MQ=255) ttGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctggctg < 2:3442266/150‑1 (MQ=255) gCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCTATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGgcggcg < 2:3973278/150‑1 (MQ=255) 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ggCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCAc < 2:5144381/150‑1 (MQ=255) cAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCGTAGTAACGCTGGCGTTCTGCGCCATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCg > 1:771669/1‑150 (MQ=255) | TGATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCG > CP009273/1703911‑1704208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |