Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,716,193 | A→T | 5.1% | S225C (AGT→TGT) | ydhJ → | putative membrane fusion protein (MFP) of YdhJK efflux pump |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,716,193 | 0 | A | T | 5.1% | 1214.5 / 36.3 | 339 | S225C (AGT→TGT) | ydhJ | putative membrane fusion protein (MFP) of YdhJK efflux pump |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (148/173); new base T (7/11); total (155/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
CCGGGAAACCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTG > CP009273/1716044‑1716342 | ccGGGAAACCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCa > 2:662892/1‑150 (MQ=255) cGGGAAACCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAg < 1:3128843/150‑1 (MQ=255) gggAAACCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCTGt > 2:1998110/1‑150 (MQ=255) aCCGCTGTTTGCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcgg > 1:4866288/1‑150 (MQ=255) gCCCTTGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGAtt > 2:1439291/1‑150 (MQ=255) ttGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATg < 2:1608915/150‑1 (MQ=255) tGTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGa > 1:75129/1‑150 (MQ=255) gTCGACAGCCACTCGTTTTACGTCATTGGTTATTTTGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGAt < 1:4109734/150‑1 (MQ=255) 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ttttGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTcc < 1:4307911/150‑1 (MQ=255) ttttGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTcc < 1:3905496/150‑1 (MQ=255) ttttGAAGAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTcc < 2:3656488/150‑1 (MQ=255) gaagaaACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGAt < 1:1582890/150‑1 (MQ=255) aagaaACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGTGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATg > 2:5234497/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |