Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,780,104 | C→A | 10.3% | A422A (GCG→GCT) | ppsA ← | phosphoenolpyruvate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,780,104 | 0 | C | A | 10.3% | 1030.8 / 69.4 | 301 | A422A (GCG→GCT) | ppsA | phosphoenolpyruvate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (122/148); new base A (17/14); total (139/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |