| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,849,412 | T→A | 8.2% | T273S (ACT→TCT) | ydjG ← | alpha‑Keto reductase, NADH‑dependent; can use methylglyoxal as substrate |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,849,412 | 0 | T | A | 8.2% | 1005.8 / 61.9 | 291 | T273S (ACT→TCT) | ydjG | alpha‑Keto reductase, NADH‑dependent; can use methylglyoxal as substrate |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (133/134); new base A (6/18); total (139/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAGTGGCTGCCACTGTTCAAGCATATCAATCACTTTCAGCATGTTTTCACGCTGGAACCAGACTTTATTTGCCCGAGCGCCGCCCGGAACGTAATCACGAGTGATGGTGCCGGTCAACAAT > CP009273/1849263‑1849560 | ctctGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGt > 2:283913/1‑150 (MQ=255) ctGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTgg < 2:2544883/150‑1 (MQ=255) ccATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGaa < 1:2989882/150‑1 (MQ=255) ccATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGaa < 2:376916/150‑1 (MQ=255) ttCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATtgt > 2:3133449/1‑150 (MQ=255) cccTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGc > 2:3830533/1‑150 (MQ=255) ccTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCa < 1:1274218/150‑1 (MQ=255) ccTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCa < 1:529941/150‑1 (MQ=255) ccTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCa < 2:3518098/150‑1 (MQ=255) cTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGAGGGAATTGTGCAc > 2:3318771/1‑150 (MQ=255) tcatcaATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGAGGGAATTGTGCACt > 1:2042656/1‑150 (MQ=255) catcaATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTg > 1:4150294/1‑150 (MQ=255) aTGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAAc < 1:425959/150‑1 (MQ=255) aTGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAAc < 1:1897168/150‑1 (MQ=255) tCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACaa < 1:3472245/150‑1 (MQ=255) cTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACaaa > 1:292202/1‑150 (MQ=255) tGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAg < 1:1523488/150‑1 (MQ=255) tGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAg > 1:2636799/1‑150 (MQ=255) 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tatCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAGTGGCTGCCACTGTTCAAGCATATCAATCACTTTCAGCATGTTTTCACGCTGGACCCAGACTTTATTTGCCCGAGCGCCGCCCGGAACGTAATCACGAGt > 1:683303/1‑150 (MQ=255) tatCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAGTGGCTGCCACTGTTCAAGCATATCAATCACTTTCAGCATGTTTTCACGCTGGAACCAGACTTTATTTGCCCGAGCGCCGCCCGGAACGTAATCACGAGt < 2:493925/150‑1 (MQ=255) tatCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAGTGGCTGCCACTGTTCAAGCATATCAATCACTTTCAGCATGTTTTCACGCTGGAACCAGACTTTATTTGCCCGAGCGCCGCCCGGAACGTAATCACGAGt > 1:1929764/1‑150 (MQ=255) tCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAGTGGCTGCCACTGTTCAAGCATATCAATCACTTTCAGCATGTTTTCACGCTGGAACCAGACTTTATTTGCCCGAGCGCCGCCCGGAACGTAATCACGAGTGa > 2:534569/1‑150 (MQ=255) cACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAGTGGCTGCCACTGTTCAAGCATATCAATCACTTTCAGCATGTTTTCACGCTGGAACCAGACTTTATTTGCCCGAGCGCCGCCCGGAACGTAATCACGAGTGATg > 2:4872298/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |