| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 157,178 | C→A | 29.5% | intergenic (‑87/+91) | dksA ← / ← sfsA | transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein/sugar fermentation stimulation protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 157,178 | 0 | C | A | 29.5% | 571.5 / 273.5 | 318 | intergenic (‑87/+91) | dksA/sfsA | transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein/sugar fermentation stimulation protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/111); new base A (47/47); total (160/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TCCACCCCAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTACTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGCTT > CP009273/157030‑157327 | aCCCCAGCGATGGCGAGTATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGAAAtt < 1:1336551/150‑1 (MQ=255) aCCCCAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAAtt < 2:2957648/150‑1 (MQ=255) cccAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTAt > 1:4195241/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |