| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,102,316 | A→T | 7.1% | F250L (TTT→TTA) | wzxB ← | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,102,316 | 0 | A | T | 7.1% | 1087.3 / 51.2 | 308 | F250L (TTT→TTA) | wzxB | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (155/131); new base T (14/8); total (169/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
ATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATAT‑AAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTAC > CP009273/2102167‑2102464 | tCAAACTCAATCAGTTAAATTATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTaa < 1:3768723/150‑1 (MQ=255) cAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGAGTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTaaa > 1:4328804/1‑150 (MQ=255) aaaCTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTaaaa > 1:3531302/1‑150 (MQ=255) 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acatataGAATAGGCCGCAATAAAATTCCCTACGCACGTAGCTCCAGATAT‑AAATCCCAGCATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATg < 2:2793768/147‑1 (MQ=255) cTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATAT‑AAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGt < 1:3787968/150‑1 (MQ=255) ttATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATAT‑AAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTa > 2:4420591/1‑150 (MQ=255) taGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATAT‑AAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATg > 1:5087714/1‑150 (MQ=255) tATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATAT‑AAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATACAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATa > 2:3894773/1‑150 (MQ=255) 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ggCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATAT‑AAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGt > 1:4651877/1‑150 (MQ=255) aTTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATAT‑AAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACttt > 2:3547671/1‑150 (MQ=255) | ATCAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATAT‑AAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTAC > CP009273/2102167‑2102464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |