Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,367,110 | 0 | G | A | 7.5% | 971.2 / 45.3 | 284 | intergenic (‑93/+17) | pmrD/menE | inactive two‑component system connector protein/O‑succinylbenzoate‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (137/124); new base A (14/7); total (152/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
AAGTACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCACGATTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGTGAAATTTTAATACCGCCGTTTTTCAGCTCCGGCGGCAGAGTTAGCCAGCGCACCGGTTGTTGAAAACGGGCCAGCTTATCTTTCACCCATTCA > CP009273/2366961‑2367259 | aaGTACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCACGATTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAg < 1:1563007/150‑1 (MQ=255) gTACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCACGATTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTg > 1:2591262/1‑150 (MQ=255) tACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCACGATTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTGa < 1:546880/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |