| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,381,131 | G→A | 5.4% | intergenic (+215/+58) | yfbM → / ← yfbN | DUF1877 family protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,381,131 | 0 | G | A | 5.4% | 1128.7 / 33.1 | 317 | intergenic (+215/+58) | yfbM/yfbN | DUF1877 family protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (151/147); new base A (4/13); total (155/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTT > CP009273/2380985‑2381280 | aaCCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGaa > 2:4195531/1‑150 (MQ=255) aCCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAAc > 1:5176644/1‑150 (MQ=255) ccATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAAcc > 1:950513/1‑150 (MQ=255) 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tgCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAAt < 2:2018905/150‑1 (MQ=255) tgCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAAt < 2:820516/150‑1 (MQ=255) ggCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGAAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCa < 1:1843306/150‑1 (MQ=255) cAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGt < 2:2317164/150‑1 (MQ=255) cGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAat > 2:2349756/1‑150 (MQ=255) cGATCAGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAAACTGTCAATACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGAATATTTTATATAACTCTTGTATGTTATGGCGACACTGGAAAACATCAATATTTTCCATCACAAATTGCAGTact > 2:397665/1‑148 (MQ=255) aTCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAatat < 2:4928409/150‑1 (MQ=255) tGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGa > 1:4679757/1‑150 (MQ=255) gTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGaa > 2:3005762/1‑150 (MQ=255) cTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAAcc > 1:4669287/1‑150 (MQ=255) aaaCGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGc > 1:2995514/1‑150 (MQ=255) aaaCGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGc > 1:358639/1‑150 (MQ=255) | CTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGCGACACGGGAAAACATCAATATTGTCCTTCACAAATTGCAGTAATATAGAATCAACCTCTCTTGCAAGTT > CP009273/2380985‑2381280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |