| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,410,498 | G→A | 5.6% | intergenic (+128/‑62) | pta → / → yfcC | phosphate acetyltransferase/putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,410,498 | 0 | G | A | 5.6% | 1162.6 / 36.5 | 326 | intergenic (+128/‑62) | pta/yfcC | phosphate acetyltransferase/putative inner membrane transporter, C4‑dicarboxylate anaerobic carrier family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (162/144); new base A (11/7); total (174/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CAGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGTTTTGTGCAAGGGAATATTTGCGCTATGTCCGCAATCACTGAATCCAAACCAACAAGAAGATGGGCAATGCCCGATACGTTGGTGATTATCTTTTTTGTTGCTATTTTAACCA > CP009273/2410350‑2410647 | aGTCTGCACAGCAGCAGTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGaa > 1:4360592/1‑150 (MQ=255) cagcagcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATGTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCa < 2:3886489/150‑1 (MQ=255) agcagcagTAATCTCGTCATCATCCGCAGCTTTGCGCTGCGGATATCTGAACCGGAAATAATCACTATTTCCGGTTTTTTATTCTCTTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCAt < 2:1739383/150‑1 (MQ=255) 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aCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGTTTTGTGCAAGGGAATATTTGCGCTATGTCCGCAATCACTGAATCCAAACCAACAAGAAGATGGGCAATGCCCGATACGTTGGTGATTATCtttttt > 1:3322136/1‑150 (MQ=255) aCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGTTTTGTGCAAGGGAATATTTGCGCTATGTCCGCAATCACTGAATCCAAACCAACAAGAAGATGGGCAATGCCCGATACGTTGGTGATTATCtttttt < 2:1072042/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTGTGTTTTGTGCAAGGGAATATTTGCGCTATGTCCGCAATCACTGAATCCAAACCAACAAGAAGATGGGCAATGCCCGATACGTTGGTGATTATCTTTTttgtt < 2:5024035/150‑1 (MQ=255) gcgcGGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGTTTTGTGCAAGGGAATATTTGCGCTATGTCCGCAATCACTGAATCCAAACCAACAAGAAGATGGGCAATGCCCGATACGTTGGTGATTATCTTTTttgtt < 1:2552928/150‑1 (MQ=255) cTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGTTTTGTGCAAGGGAATATTTGCGCTATGTCCGCAATCACTGAATCCAAACCAACAAGAAGATGGGCAATGCCCGATACGTTGGTGATTATCTTTTTTGTTGCt < 1:1407005/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |