Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,446,543 | 0 | G | A | 5.0% | 1081.1 / 28.3 | 297 | pseudogene (1938/2646 nt) | yfcU | pseudogene, FimD fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative outer membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (140/142); new base A (7/8); total (147/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
CGGCAACGCCATCGGCATCAATCAGCAGGCGTGTCCCGCCCATATTCTGGGTACGGTGAAGTGCGCCGCCGTGGGTAGTAAGCGTTGCGCCGCCCTGTAACGACAAGCCCGCAGAGGTGTATTGCCCTTCATGGTAGTTCGCACTGAGGTCAACCTGCGCCAGCGAACCATCATGGCTGTAGTAGCCATCAACGCTGGTGTGTTTGTCACTGGTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAG > CP009273/2446395‑2446690 | ggCAACGCCATCGGCATCAATCAGCAGGCGTGTCCCGCCCATATTCTGGGTACGGTGAAGTGCGCCGCCGTGGGTAGTAAGCGTTGCGCCGCCCTGTAACGACAAGCCCGCAGAGGTGTATTGCCCTTCATGGTAGTTCGCACTGAGGTc < 1:5041098/150‑1 (MQ=255) ccATCGGCATCAATCAGCAGGCGTGTCCCGCCCATATTCTGGGTACGGTGAAGTGCGCCGCCGTGGGTAGTAAGCGTTGCGCCGCCCTGTAACGACAAGCCCGCAGAGGTGTATTGCCCTTCATGGTAGTTCGCACTGAGGTCAACCTgc > 1:2413115/1‑150 (MQ=255) ccATCGGCATCAATCAGCAGGCGTGTCCCGCCCATATTCTGGGTACGGTGAAGTGCGCCGCCGTGGGTAGTAAGCGTTGCGCCGCCCTGTAACGACAAGCCCGCAGAGGTGTATTGCCCTTCATGGTAGTTCGCACTGAGGTCAACCTgc > 1:2413315/1‑150 (MQ=255) 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ggTAGTTCGCACTGAGGTCAACCTGCGCCAGCGAACCATCATGGCTGTAGTAGCCATCAACGCTGGTGTGTTTGTCACTGGTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTgtccg < 1:695114/150‑1 (MQ=255) gTAGTTCGCACTGAGGTCAACCTGCGCCAGCGAACCATCATGGCTGTAGTAGCCATCAACGCTGGTGTGTTTGTCACTGGTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTgtccgt < 2:2489832/150‑1 (MQ=255) gTAGTTCGCACTGAGGTCAACCTGCGCCAGCGAACCATCATGGCTGTAGTAGCCATCAACGCTGGTGTGTTTGTCACTGGTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTgtccgt < 2:5167183/150‑1 (MQ=255) gTTCGCACTGAGGTCAACCTGCGCCAGCGAACCATCATGGCTGTAGTAGCCATCAACGCTGGTGTGTTTGTCACTGGTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTccc > 2:1659161/1‑150 (MQ=255) gTTCGCACTGAGGTCAACCTGCGCCAGCGAACCATCATGGCTGTAGTAGCCATCAACGCTGGTGTGTTTGTCACTGGTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTccc < 2:5216755/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |