| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 177,994 | C→T | 5.5% | V208V (GTC→GTT) | degP → | serine endoprotease (protease Do), membrane‑associated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 177,994 | 0 | C | T | 5.5% | 1120.4 / 33.7 | 309 | V208V (GTC→GTT) | degP | serine endoprotease (protease Do), membrane‑associated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (166/126); new base T (12/5); total (178/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCTCGCACCGGA > CP009273/177846‑178143 | gcTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGtct > 2:3721881/1‑150 (MQ=255) ctctGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGtctc > 2:2508498/1‑150 (MQ=255) tctGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTctct < 1:166106/150‑1 (MQ=255) tctGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTctct < 1:2288849/150‑1 (MQ=255) gATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTgcg > 1:2689034/1‑150 (MQ=255) gATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGGTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTgcg > 2:3426269/1‑150 (MQ=255) atCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTg > 1:4437896/1‑150 (MQ=255) tCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTgg > 1:343068/1‑150 (MQ=255) tCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTgg > 2:4669264/1‑150 (MQ=255) gcgcTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTTTCTGCGCTgggg > 1:3860554/1‑150 (MQ=255) gcgcTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTTTCTGCGCTgggg > 1:3456874/1‑150 (MQ=255) aTCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGc < 1:340991/150‑1 (MQ=255) aaTCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCt < 2:4561532/150‑1 (MQ=255) aaTCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCt < 2:2642352/150‑1 (MQ=255) aTCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTg < 2:1240721/150‑1 (MQ=255) aTCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTg > 1:79191/1‑150 (MQ=255) ccAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGaa < 1:1922332/150‑1 (MQ=255) aGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATg > 1:2591002/1‑150 (MQ=255) aGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATg < 1:4147726/150‑1 (MQ=255) aaCCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGcc > 2:5138999/1‑150 (MQ=255) gAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGaaaa > 1:1148391/1‑150 (MQ=255) aaaCCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTa < 1:4289740/150‑1 (MQ=255) aaCCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTAc > 2:2707032/1‑150 (MQ=255) cTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTTTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGaa > 1:713450/1‑150 (MQ=255) aCCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAAc > 2:2823914/1‑150 (MQ=255) cGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACtt > 2:1838769/1‑150 (MQ=255) cAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGAGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCa > 1:4852685/1‑150 (MQ=255) ttAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATcc < 1:311523/150‑1 (MQ=255) ttAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATcc < 2:4975244/150‑1 (MQ=255) aGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATcaata > 2:2459951/1‑146 (MQ=255) aGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGa > 2:1779443/1‑150 (MQ=255) aGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGa > 1:3544690/1‑150 (MQ=255) aGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGa < 1:2077788/150‑1 (MQ=255) 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tCCGGGATTGTTTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATc < 2:3860554/150‑1 (MQ=255) tCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATc < 1:815408/150‑1 (MQ=255) tCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATc < 1:3726236/150‑1 (MQ=255) cGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCt > 1:1880830/1‑150 (MQ=255) cGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCt < 1:1542475/150‑1 (MQ=255) ggATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCTCg > 1:4762833/1‑150 (MQ=255) gATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCTCGc > 1:4698509/1‑150 (MQ=255) aTTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCTCGCa > 2:1373034/1‑150 (MQ=255) ttGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCTCGCAc < 1:4984539/150‑1 (MQ=255) gTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCTCGCACCg < 1:182127/150‑1 (MQ=255) gTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCTCGCACCg > 1:3240207/1‑150 (MQ=255) ctctGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCTCGCACCGGa < 2:5172358/150‑1 (MQ=255) | GCTCTGATATCGCGCTGATCCAAATCCAGAACCCGAAAAACCTGACCGCAATTAAGATGGCGGATTCTGATGCACTGCGCGTGGGTGATTACACCGTAGCGATTGGTAACCCGTTTGGTCTGGGCGAGACGGTAACTTCCGGGATTGTCTCTGCGCTGGGGCGTAGCGGCCTGAATGCCGAAAACTACGAAAACTTCATCCAGACCGATGCAGCGATCAACCGTGGTAACTCCGGTGGTGCGCTGGTTAACCTGAACGGCGAACTGATCGGTATCAACACCGCGATCCTCGCACCGGA > CP009273/177846‑178143 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |