| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,520,863 | G→T | 16.6% | D187Y (GAC→TAC) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,520,863 | 0 | G | T | 16.6% | 870.0 / 128.6 | 300 | D187Y (GAC→TAC) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/143); new base T (26/24); total (133/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATGGATTGCGAAAACTGACCAGACGTCCATTCTGTTGGTGGTTTATACAGCGTTCAGCGAAGCCGTCGTTAATGGTATCTGGCATAAAGTTGGCTGGGGATCATTGCTGTTTATCGTGGTGGTCAG > CP009273/2520714‑2521011 | ggggATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGgt > 1:818034/1‑150 (MQ=255) ggATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGgtgt > 1:3893661/1‑150 (MQ=255) gATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTc < 1:5012773/150‑1 (MQ=255) gATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTc < 2:1128775/150‑1 (MQ=255) gATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTGTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTc > 2:2899814/1‑150 (MQ=255) ttCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTTACTGGGTGTCgcgc < 2:4484767/150‑1 (MQ=255) tCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTCGCGCa < 2:1049529/150‑1 (MQ=255) ccTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTCGCGCaa > 2:2306272/1‑150 (MQ=255) ccTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTCGCGCaa < 1:4208745/150‑1 (MQ=255) tttCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTCGCGCAATa < 1:4811908/150‑1 (MQ=255) aCCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTCGCGCAATaaaaa < 1:118579/150‑1 (MQ=255) cATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTGACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAAt < 1:5079805/150‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGGTAAAATTATGCTGCAACTGCTGCTGCCGTTTGTGTTGGGGCATCTTTCCCGGCCGTGGATTGGTTACTGGGTGTCGCGCAATAAAAAATg > 1:1094278/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |