| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,525,695 | C→T | 5.1% | intergenic (+112/‑73) | cysZ → / → cysK | EI24 family inner membrane protein; putative sulfate transporter/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,525,695 | 0 | C | T | 5.1% | 1135.1 / 29.1 | 312 | intergenic (+112/‑73) | cysZ/cysK | EI24 family inner membrane protein; putative sulfate transporter/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (151/145); new base T (10/6); total (161/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
TCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACGG > CP009273/2525546‑2525844 | cGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATcc > 1:2103652/1‑150 (MQ=255) aTTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATCGATATGCTAAATCCtt > 2:2004073/1‑150 (MQ=255) aTTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCtt > 1:4583870/1‑150 (MQ=255) 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ttattTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATGTTTGAAGATCACTCGCTGACTATCGGTCACAcg > 2:2813174/1‑150 (MQ=255) tattTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACAcgc > 1:3905370/1‑150 (MQ=255) tattTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACAcgc > 2:462445/1‑150 (MQ=255) tCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCt > 1:3574640/1‑150 (MQ=255) ttCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGACGCTGGtt < 1:3814054/150‑1 (MQ=255) tCTGTATAGAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTTAGGACAGGCCATGATTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTc < 2:1344814/150‑1 (MQ=255) cTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCg > 1:2679575/1‑150 (MQ=255) gTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGcc > 2:1869623/1‑150 (MQ=255) tatataGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCt > 2:2744608/1‑150 (MQ=255) taGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAAt < 1:1625760/150‑1 (MQ=255) 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aTCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAAc > 1:189951/1‑150 (MQ=255) ccTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACgg > 2:4566438/1‑150 (MQ=255) | TCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACGG > CP009273/2525546‑2525844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |