Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,595,292 | C→A | 6.8% | S39* (TCG→TAG) | hyfB → | hydrogenase 4, membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,595,292 | 0 | C | A | 6.8% | 1127.8 / 44.2 | 314 | S39* (TCG→TAG) | hyfB | hydrogenase 4, membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (140/152); new base A (11/11); total (151/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
AGGATCCCCTTTCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCT > CP009273/2595143‑2595441 | aggaTCCCCTTTCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATc < 2:4745877/150‑1 (MQ=255) aggaTCCCCTTTCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATc > 2:2890018/1‑150 (MQ=255) ggaTCCCCTTTCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCg < 1:4731970/150‑1 (MQ=255) 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ttCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGggc < 2:2684616/150‑1 (MQ=255) tcaGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGAtt > 2:4586530/1‑150 (MQ=255) tcaGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGAtt < 2:3871221/150‑1 (MQ=255) caGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTg < 1:3289336/150‑1 (MQ=255) caGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTg < 2:1274389/150‑1 (MQ=255) gtatcAACGATAATGGATGCCCTGCAATTATAAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCGGGCTTAGCTGTTTAAACTCGGTCTTGACAGACTGCCAATTAAGCTTAACGGCATCACATCGCTGGAGAGCGGCGTGCTTTGc > 2:4941136/5‑150 (MQ=255) ggAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGc > 2:2194084/1‑150 (MQ=255) gAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGTCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATAGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGca > 1:2871907/1‑150 (MQ=255) aGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGcat < 2:137276/150‑1 (MQ=255) gCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGcatc < 2:1328706/150‑1 (MQ=255) 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cTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCAttt > 1:4669609/1‑150 (MQ=255) tttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGTATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTa > 1:2440951/1‑150 (MQ=255) ttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTAt < 2:816751/150‑1 (MQ=255) ggCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg < 2:1033659/150‑1 (MQ=255) gCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGc > 1:3601416/1‑150 (MQ=255) cATCACATCTGTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAAATTTTGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGTATGGATAGCCTCTCGGCTTTTATGGTGCt < 1:4941136/150‑1 (MQ=255) aTCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTg > 1:2897711/1‑150 (MQ=255) cacaTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGACTTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGt < 2:3714555/150‑1 (MQ=255) acaTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGtt < 2:5083058/150‑1 (MQ=255) aTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt > 1:3042257/1‑150 (MQ=255) aTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt > 1:723920/1‑150 (MQ=255) tCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCCTCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAtc < 2:3923381/150‑1 (MQ=255) | AGGATCCCCTTTCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCT > CP009273/2595143‑2595441 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |