Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,679,933 | C→A | 22.1% | A247D (GCT→GAT) | hmp → | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,679,933 | 0 | C | A | 22.1% | 932.8 / 236.2 | 375 | A247D (GCT→GAT) | hmp | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (155/137); new base A (35/48); total (190/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.31e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 |
Only 100 of 376 total aligned reads displayed.
TCCCACATCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCAG > CP009273/2679786‑2680082 | ccACATCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCg < 1:2298598/150‑1 (MQ=255) cacaTCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCgg > 1:4958957/1‑150 (MQ=255) acaTCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGc < 1:2921382/150‑1 (MQ=255) caTCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGAGGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCa > 1:4977783/1‑150 (MQ=255) aGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGATCCGGCAGGTg < 1:5189011/150‑1 (MQ=255) aGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGATCCGGCAGGTg < 1:4308909/150‑1 (MQ=255) aaaTTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCAGGTGAtt > 1:2049345/1‑150 (MQ=255) aaaTTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGATCCGGCAGGTGAtt > 1:4113173/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |