| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,775,830 | C→T | 25.0% | D86N (GAT→AAT) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,775,830 | 0 | C | T | 25.0% | 633.5 / 218.7 | 309 | D86N (GAT→AAT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/120); new base T (45/32); total (157/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCA > CP009273/2775683‑2775978 | cATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCtt < 1:1079159/150‑1 (MQ=255) tGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGat < 2:4978884/150‑1 (MQ=255) gCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGata > 2:2419256/1‑150 (MQ=255) 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attaGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACttt < 1:1336045/150‑1 (MQ=255) aGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTg > 1:1285184/1‑150 (MQ=255) cccACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCa > 1:2861041/1‑150 (MQ=255) ccACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCAt < 2:1081274/150‑1 (MQ=255) ccACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCAt < 1:903767/150‑1 (MQ=255) 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tataTCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACcac > 1:4725123/1‑150 (MQ=255) tCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCa < 1:5056239/150‑1 (MQ=255) | CATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCA > CP009273/2775683‑2775978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |