| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,825,783 | C→T | 70.7% | intergenic (‑135/‑52) | norR ← / → norV | anaerobic nitric oxide reductase DNA‑binding transcriptional activator/anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,825,783 | 0 | C | T | 70.7% | 586.0 / inf | 379 | intergenic (‑135/‑52) | norR/norV | anaerobic nitric oxide reductase DNA‑binding transcriptional activator/anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/52); new base T (132/133); total (192/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
ACGGAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCTGCAATTAGCAAGACATCTTTTTAGAACACGCTGAATAAATTGAGGTTGCTATGTCTATTGTGGTGAAAAATAACATTCATTGGGTTGGTCAACGTGACTGGGAAGTGCGTGATTTTCACGGCACGGAATATAAAACGCTGCGCGG > CP009273/2825635‑2825929 | accgAAAAACTCCGCCTGGCCTCACTGTCAAATTGACTATAGATATTGTCATATCGACCAATTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCCTTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATCt < 2:3376605/147‑1 (MQ=255) ggAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGc > 2:694265/1‑150 (MQ=255) gAAAAACTCATCTTTGCCTCACTGTCAATTTGACTATAGATATTGTCATATCGACCATTTGATTGATAGTCATTTTGACTACTCATTAATGGGCATAATTTTATTTATAGAGTAAAAACAATCAGATAAAAAACTGGCACGCAATTTGCa < 2:791558/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |