| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,013,226 | C→A | 7.0% | S236Y (TCC→TAC) | ssnA → | putative chlorohydrolase/aminohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,013,226 | 0 | C | A | 7.0% | 1069.6 / 41.5 | 284 | S236Y (TCC→TAC) | ssnA | putative chlorohydrolase/aminohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (131/133); new base A (9/11); total (140/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GACAAGCGAGCCGTATCTGGTGGAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAGCGCGATGCGTTCCTGGTGCATA > CP009273/3013077‑3013375 | cAAGCGAGCCGTATCTGGTGGAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTACt > 1:2350747/1‑150 (MQ=255) aaGCGAGCCGTATCTGGTGGAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTa > 1:4391432/1‑150 (MQ=255) cGTATCTGGTGGAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTcacc < 1:4945247/150‑1 (MQ=255) 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aTCTGGTGGAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACt > 1:2648280/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTgg < 1:1704704/150‑1 (MQ=255) tggAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACg > 1:1105305/1‑150 (MQ=255) tggAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACg > 1:4722300/1‑150 (MQ=255) gAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGc < 1:1044547/150‑1 (MQ=255) 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cACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTc < 2:230871/150‑1 (MQ=255) cACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTc < 2:550450/150‑1 (MQ=255) aCGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCa < 1:4254140/150‑1 (MQ=255) gCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAg < 1:2109268/150‑1 (MQ=255) cGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAgc > 2:4645304/1‑150 (MQ=255) 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gACATTTACGACGTTTCCTACAGTAACCACTTGTACGTCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAATACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAGCGCGAt < 1:2985429/150‑1 (MQ=255) aCCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAGCGCGATg < 1:1117543/150‑1 (MQ=255) ccTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACGTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAGCGCGATGc < 2:4232923/150‑1 (MQ=255) cTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATAAGCGCGATGCg > 2:2172209/1‑150 (MQ=255) ttACGACGTTTCATACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACAGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCTAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAGCGCGATGCGtt > 1:156454/1‑150 (MQ=255) 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ttCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAGCGCGATGCGTTCCTGGTGCa < 2:4817024/150‑1 (MQ=255) ttCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAGCGCGATGCGTTCCTGGTGCa < 1:4554564/150‑1 (MQ=255) | GACAAGCGAGCCGTATCTGGTGGAAGCACATATCGGTGCTCACGCGCCGTTTACCGTGCCGGATGCCGGTCTGGAGATGCTGCGTGAAGCCGTGAAAGCCACAGGCCGTGGTTTGCATATTCACGCTGCGGAAGACCTTTACGACGTTTCCTACAGTCACCACTGGTACGGCAAAGACCTGCTGGCACGACTGGCGCAATTCGATCTCATCGACAGCAAAACGCTGGTCGCTCATGGGCTGTACTTGTCGAAAGATGACATCACCCTACTCAATCAGCGCGATGCGTTCCTGGTGCATA > CP009273/3013077‑3013375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |