Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 238,195 | G→T | 48.9% | V532V (GTC→GTA) | fadE ← | acyl coenzyme A dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 238,195 | 0 | G | T | 48.9% | 86.5 / inf | 271 | V532V (GTC→GTA) | fadE | acyl coenzyme A dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/71); new base T (57/74); total (124/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
AGGCGGTTCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCAG > CP009273/238046‑238344 | cGGTTCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACg < 2:1025838/150‑1 (MQ=255) ttCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCa < 1:3801261/150‑1 (MQ=255) ttCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCa > 1:2987027/1‑150 (MQ=255) tCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCAt < 1:2084985/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCAtt > 1:2730201/1‑150 (MQ=255) aGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTg < 1:1580171/150‑1 (MQ=255) tGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGttc > 1:46309/1‑150 (MQ=255) gCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGttct > 2:4079787/1‑150 (MQ=255) cTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGttctt < 2:2073168/150‑1 (MQ=255) gATAGTATCGTTTAGAGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAAAATCGCGTAAGGCCCAGCCAGAATCTGAGAACTTTGTTGCTACCGACGTGAACGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTATTcg > 2:2865124/1‑150 (MQ=255) gATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTcg > 2:2098024/1‑150 (MQ=255) gATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTcg < 1:1016352/150‑1 (MQ=255) gtagCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTcgccgc > 1:1883291/1‑150 (MQ=255) agCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCtt < 1:4977323/150‑1 (MQ=255) gCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTc < 2:3606032/150‑1 (MQ=255) gTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCa > 1:1440090/1‑150 (MQ=255) tttAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCAt < 1:3991021/150‑1 (MQ=255) tGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCtt < 2:1920947/150‑1 (MQ=255) tGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCtt < 1:1307389/150‑1 (MQ=255) tGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCtt > 1:451472/1‑150 (MQ=255) tGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCtt > 1:3502196/1‑150 (MQ=255) tGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCtt < 2:119951/150‑1 (MQ=255) gCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTcc < 1:937175/150‑1 (MQ=255) 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ggTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTa > 2:63024/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTAc > 1:3789292/1‑150 (MQ=255) gTTGGAGTGCTGCTGGTTAAACCTCGCGTCAGGCCCAGCCATAAGCTGAGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTTAACAACAGTTTTTCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTAc < 2:3793225/150‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGAt < 2:2683424/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATg > 1:1844748/1‑150 (MQ=255) tgctgcTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGc > 1:1368060/1‑150 (MQ=255) tgctgcTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGc < 1:325964/150‑1 (MQ=255) gctgGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACg < 1:4890589/150‑1 (MQ=255) ctgGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGa < 2:4046796/150‑1 (MQ=255) ctgGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGa < 1:2090912/150‑1 (MQ=255) gTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATc < 1:923022/150‑1 (MQ=255) gTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATc < 1:923472/150‑1 (MQ=255) tAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGc > 2:1236694/1‑150 (MQ=255) aaaCCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACACCAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCGTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCt > 1:4185434/1‑150 (MQ=255) ccGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCt < 1:4431915/150‑1 (MQ=255) 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ccagccagAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGatca < 2:913500/150‑1 (MQ=255) ccagccagAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGATTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGatca < 2:2701019/150‑1 (MQ=255) ccagAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATcatcat < 2:334030/150‑1 (MQ=255) ccagAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATcatcat < 1:5053563/150‑1 (MQ=255) ccagAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATcatcat > 2:3927481/1‑150 (MQ=255) cagAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCAtg > 1:4862688/1‑150 (MQ=255) gAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCCTCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCAtgct < 2:3148720/150‑1 (MQ=255) gAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGAGGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCAtgct < 2:1333836/150‑1 (MQ=255) gCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCg < 1:5146751/150‑1 (MQ=255) tGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCggg < 2:381482/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |