| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,079,934 | 0 | T | C | 5.0% | 1118.2 / 32.2 | 322 | intergenic (+173/‑131) | yqgC/metK | uncharacterized protein/S‑adenosylmethionine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (155/149); new base C (8/8); total (165/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
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tGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACCGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCttt > 2:3584933/1‑150 (MQ=255) ttAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCttttt < 1:4471203/150‑1 (MQ=255) | ACAATGGCAGAAAATTGCAAAAGATAAATACGCAGAATGCCGGCATTGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTT > CP009273/3079786‑3080082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |