| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,126,414 | C→A | 7.1% | R53L (CGG→CTG) | yghR ← | putative ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,126,414 | 0 | C | A | 7.1% | 1062.7 / 36.1 | 294 | R53L (CGG→CTG) | yghR | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (144/127); new base A (11/11); total (155/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
TCACCGCCGCCCATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGGTTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGT > CP009273/3126265‑3126563 | cACCGCCGCCCATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCGATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGcgccg > 2:1005348/1‑150 (MQ=255) cACCGCCGCCCATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGcgccg > 1:3458572/1‑150 (MQ=255) cACCGCCGCCCATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGcgccg < 1:3394869/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |