| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,137,584 | C→T | 7.2% | G306S (GGC→AGC) | hybA ← | hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,137,584 | 0 | C | T | 7.2% | 1059.0 / 47.5 | 305 | G306S (GGC→AGC) | hybA | hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (158/125); new base T (11/11); total (169/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
AGGAGCATACAGATGACGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCGCCAGCACAGCCAGTGGTAGCATCATGCCTTTATACAGGGTGTGTTGAATATTTTCGGAACGCGCACCGGTAGAAAGATCGTCCAGTTTCGGCAGGTCGAGATTTTCATAAGGCACACCCGTCAGTACCAGAACCTGAGTACCGCCG > CP009273/3137435‑3137732 | cggAGCATACAGATGACGATTACCGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGcc < 2:3776612/149‑1 (MQ=255)aGGAGCATACAGATGACGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGcc > 1:2774022/1‑150 (MQ=255)aGGAGCATACAGATGACGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGcc > 2:2687037/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |