Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,182,319 | G→T | 5.2% | pseudogene (1540/2445 nt) | yqiG → | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,182,319 | 0 | G | T | 5.2% | 1072.0 / 22.2 | 309 | pseudogene (1540/2445 nt) | yqiG | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (146/144); new base T (10/9); total (156/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
ACACGAATTATCAGAATGAAAAAGAGAGTTATATTGTCACGTTTAACCAGTATCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGAATTATTCATTATCACTTAGCCGCGATTTTGATATCGGGCCATTAAAAAACGTCTCCACTTCTCTAACATTTAGCCGAATAAACTGGGAAGAAGACAACCAGGATCAACTGTACCTAAATATTTCGATTCCCTGGGGAACTAGTAGAACATTGAGCTATGGTATGCAACGAAAT > CP009273/3182170‑3182468 | cacGCATTATCAGAATGAAAAAGAGAGTTATATTGTCACGTTTAACCAGTATCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGAATTATTCATTATCACTTAGCCGCGa < 1:1093713/150‑1 (MQ=255) cGAATTATCAGAATGAAAAAGAGAGTTATATTGTCACGTTTAACCAGTATCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGAATTATTCATTATCACTTAGCCGCGAtt > 2:1144517/1‑150 (MQ=255) cGAATTATCAGAATGAAAAAGAGAGTTATATTGTCACGTTTAACCAGTATCTTGAATCATTAAGGTTAAATACATACGTAAGTTTGGCTCGTAATACTTACTGGGACGCCAGCAGTAATGTGAATTATTCATTATCACTTAGCCGCGAtt > 2:2238899/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |