| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,262,048 | G→A | 5.5% | G92D (GGT→GAT) | yhaC → | pentapetide repeats‑related protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,262,048 | 0 | G | A | 5.5% | 1236.3 / 38.3 | 346 | G92D (GGT→GAT) | yhaC | pentapetide repeats‑related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (159/167); new base A (15/4); total (175/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
AAAACAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGTTATAACGCCCAAATTATTCAACGATCGGACAATACTTGTGAACTTACCATTAATGAACCGTTAAAAAACCAGGAAATATCCACAGGTAATATCAATATTAATTGCCCATTAAAAGATATTTACAATGAAATCAGGAGGTTAAACGTAA > CP009273/3261899‑3262197 | aaaaCAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAgg > 1:4073536/1‑150 (MQ=255) aaaCAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGt > 1:2194314/1‑150 (MQ=255) aaaCAGACCTCTATTGAAATGGTCACTTTACTTAACACGTTACAACCTGGTGGAAAATGCATTATCACTGGTGATTTTCAAAAAGAATTAGCGTACTTACAAAATGTAATTCTTTATAATGTCTCGTCTCTTCGTCTGGATTTTTTAGGt > 1:4995988/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |