Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 248,470 | A→C | 12.6% | intergenic (+30/‑22) | dinB → / → yafN | DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 248,470 | 0 | A | C | 12.6% | 822.8 / 95.5 | 297 | intergenic (+30/‑22) | dinB/yafN | DNA polymerase IV/antitoxin of the YafO‑YafN toxin‑antitoxin system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (143/115); new base C (14/24); total (157/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
ATCGCCACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGC > CP009273/248321‑248619 | aTCGCCACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCa < 2:859798/150‑1 (MQ=255) cGCCACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCatt < 1:3181625/150‑1 (MQ=255) cGCCACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCatt > 1:1507273/1‑150 (MQ=255) ccACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCattat < 2:3516208/150‑1 (MQ=255) ccGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCCTtattat > 1:1428762/1‑150 (MQ=255) ccGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATtattat > 1:5229524/1‑150 (MQ=255) cgcgcgTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATg > 1:1331335/1‑150 (MQ=255) gcgTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAgg < 2:3935178/150‑1 (MQ=255) 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ttatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGcccc > 1:2738720/1‑150 (MQ=255) ttatGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGcccc > 2:553490/1‑150 (MQ=255) atGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGc > 2:5130532/1‑150 (MQ=255) cTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtct > 1:5212333/1‑150 (MQ=255) cTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtct < 2:2175361/150‑1 (MQ=255) tGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGAtctctc > 2:4869401/1‑150 (MQ=255) tGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtctc > 2:4663460/1‑150 (MQ=255) tGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATAtctc > 1:3847986/1‑150 (MQ=255) ggTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATctct > 1:1775185/1‑150 (MQ=255) gtgtGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCtt > 2:4291489/1‑150 (MQ=255) tgtgCCTTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTa < 2:382675/150‑1 (MQ=255) tgtgCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTa < 2:1507273/150‑1 (MQ=255) tgCATTATTATGAGGTTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCAGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGATAAATACTATATAGATCAACCTGTTGCGTTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGTAGATCTCTTAAg > 2:5168816/1‑150 (MQ=255) tgCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAg > 1:3230939/1‑150 (MQ=255) gCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGt < 1:4574271/150‑1 (MQ=255) cATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTg > 2:2226502/1‑150 (MQ=255) cATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTg > 2:668672/1‑150 (MQ=255) | ATCGCCACCGCGCGTAAAACCTGGGATGAACGCCGCGGCGGGCGCGGTGTGCGTCTGGTGGGGCTGCATGTGACGTTGCTTGACCCGCAAATGGAAAGACAACTGGTGCTGGGATTATGATGTATACTATTATGTATATTCTGGTGTGCATTATTATGAGGGTATCACTGTATGCATCGAATTCTCGCTGAAAAATCGGTCAATATCACTGAGTTACGTAAAAACCCAGCTAAATACTTTATTGATCAACCGGTTGCGGTTCTTTCTAATAATCGCCCCGCAGGATATCTCTTAAGTGC > CP009273/248321‑248619 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |