| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,378,591 | G→A | 6.1% | intergenic (+59/‑306) | argR → / → yhcN | l‑arginine‑responsive arginine metabolism regulon transcriptional regulator/cadmium and peroxide resistance protein, stress‑induced |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,378,591 | 0 | G | A | 6.1% | 1209.3 / 43.4 | 343 | intergenic (+59/‑306) | argR/yhcN | l‑arginine‑responsive arginine metabolism regulon transcriptional regulator/cadmium and peroxide resistance protein, stress‑induced |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (153/168); new base A (9/12); total (162/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
CGATGACACCATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTATTTTTAA > CP009273/3378442‑3378740 | gATGACACCATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGc > 1:614125/1‑150 (MQ=255) cacCATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTcc > 2:4786551/1‑150 (MQ=255) atccATCTTTTACTCCCCTGCTAACGGTGTTACAGTGAATTTCCTGTTCGTTGCGTTTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATGTCTTGCCCGTCGTTTCTGTCGGCGGTGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCACTGCTTTcc < 2:1141170/148‑1 (MQ=255) cATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCt > 1:3752320/1‑150 (MQ=255) cTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCg < 1:4226084/150‑1 (MQ=255) tttACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGa < 1:2992779/150‑1 (MQ=255) tttACCACCCCTGCGAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGa < 2:3470272/150‑1 (MQ=255) ttACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCGGCGAt > 1:3175961/1‑150 (MQ=255) acctccCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGTTTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGGTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGTCGGCGGGGAATATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTa < 2:1679748/150‑1 (MQ=255) accaccCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTa > 2:2122335/1‑150 (MQ=255) accaccCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTa > 2:2122533/1‑150 (MQ=255) accaccCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTa > 2:1524201/1‑150 (MQ=255) caccCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAAt < 2:1473910/150‑1 (MQ=255) ccccTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGACAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAAttt > 2:3557376/1‑150 (MQ=255) cTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAAc > 1:2464971/1‑150 (MQ=255) cTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAAc < 1:497092/150‑1 (MQ=255) cTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGaa > 1:4387439/1‑150 (MQ=255) actttttCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAg < 2:4600813/146‑1 (MQ=255) ggTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTg > 1:860704/1‑150 (MQ=255) ggTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTg < 2:1617770/150‑1 (MQ=255) ttCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGt < 2:3701751/150‑1 (MQ=255) ttCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGt < 1:3841556/150‑1 (MQ=255) tCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTATCGAATAGTGCGtt > 2:3720122/1‑150 (MQ=255) cacaGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGttt > 2:635171/1‑150 (MQ=255) acaGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGtttt > 1:1096861/1‑150 (MQ=255) tCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTACTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTg < 1:3974613/150‑1 (MQ=255) aaGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGa > 1:3038736/1‑150 (MQ=255) ccTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATg > 1:4316817/1‑150 (MQ=255) tGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTc > 1:3661506/1‑150 (MQ=255) tACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCAt > 2:2167711/1‑150 (MQ=255) aCGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCAtt < 1:2894491/150‑1 (MQ=255) cGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTc < 2:3489945/150‑1 (MQ=255) gAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCAttaa > 1:4429158/1‑148 (MQ=255) aaGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTACTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTcac > 1:1914762/1‑150 (MQ=255) aaGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTACTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTcac > 1:1761643/1‑150 (MQ=255) aGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTcaca < 1:128990/150‑1 (MQ=255) ttttAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATg < 2:3175961/150‑1 (MQ=255) ttAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGaa < 1:5065875/150‑1 (MQ=255) ttAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGaa < 2:1457587/150‑1 (MQ=255) ttAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGaa > 1:1983489/1‑150 (MQ=255) ttAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGaa > 2:4416753/1‑150 (MQ=255) ttAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGCTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGaa < 2:3900478/150‑1 (MQ=255) tAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAAt < 1:5181541/150‑1 (MQ=255) 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ctcAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAAc < 2:4765379/150‑1 (MQ=255) tcAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAAcc > 2:4705933/1‑150 (MQ=255) ccaCCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCg < 2:4178459/148‑1 (MQ=255) aaCCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGt > 2:1724969/1‑150 (MQ=255) aaCCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGt > 2:1317820/1‑150 (MQ=255) 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cTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTAttttt > 1:1581802/1‑150 (MQ=255) tGCTTTCCCCTGCGATGAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTATTTTTa < 2:4766634/150‑1 (MQ=255) | CGATGACACCATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTATTTTTAA > CP009273/3378442‑3378740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |